COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 14.393295 14.393295 14.663776
2021-02-12 17:00:00 14.944875 14.944875 14.673461
2021-02-11 17:00:00 14.761464 14.761464 14.674714
2021-02-10 17:00:00 13.137694 14.518626 14.654899
2021-02-09 17:00:00 12.851202 14.455961 14.571114
2021-02-08 17:00:00 14.518626 14.518626 14.618429
2021-02-07 17:00:00 15.395908 15.395908 14.577296

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 11.616739 11.616739 8.976285
2021-02-12 17:00:00 9.454449 9.454449 8.967700
2021-02-11 17:00:00 8.051290 8.051290 9.269439
2021-02-10 17:00:00 5.033665 8.315678 9.557924
2021-02-09 17:00:00 6.615427 6.615427 9.604560
2021-02-08 17:00:00 1.315884 4.872881 9.578017
2021-02-07 17:00:00 5.306719 10.700699 9.777860

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 13.815789 13.815789 16.984349
2021-02-12 17:00:00 17.441860 17.441860 16.616060
2021-02-11 17:00:00 20.689655 20.689655 16.123650
2021-02-10 17:00:00 21.510297 21.510297 15.989777
2021-02-09 17:00:00 17.966102 17.966102 15.562993
2021-02-08 17:00:00 14.705882 16.279070 15.668581
2021-02-07 17:00:00 15.618661 15.618661 15.675747

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 9.697218 9.697218 7.312148
2021-02-12 17:00:00 4.976201 4.976201 7.456338
2021-02-11 17:00:00 7.568807 7.568807 7.482108
2021-02-10 17:00:00 8.942750 8.942750 7.455143
2021-02-09 17:00:00 7.727086 7.727086 7.425585
2021-02-08 17:00:00 8.830846 5.836416 7.522396
2021-02-07 17:00:00 4.703704 4.703704 7.543224

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 13.677550 13.677550 14.501587
2021-02-12 17:00:00 14.562761 14.562761 14.563364
2021-02-11 17:00:00 13.869330 13.869330 14.585361
2021-02-10 17:00:00 12.450503 12.450503 14.586977
2021-02-09 17:00:00 16.712580 20.864489 14.545650
2021-02-08 17:00:00 28.636802 10.577351 14.750279
2021-02-07 17:00:00 23.353454 23.353454 14.634778

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 29.795755 29.795755 25.043161
2021-02-12 17:00:00 29.986352 29.986352 25.039840
2021-02-11 17:00:00 24.944362 24.944362 24.821577
2021-02-10 17:00:00 16.902944 16.902944 24.734011
2021-02-09 17:00:00 24.690422 19.096951 24.684648
2021-02-08 17:00:00 45.318619 24.946110 25.038877
2021-02-07 17:00:00 30.240700 30.240700 25.469641

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 13.901869 13.901869 14.143509
2021-02-12 17:00:00 13.835878 13.835878 14.287111
2021-02-11 17:00:00 16.178797 16.178797 14.531868
2021-02-10 17:00:00 12.065508 12.065508 14.894583
2021-02-09 17:00:00 11.605996 11.605996 15.169223
2021-02-08 17:00:00 16.645649 15.203426 14.964320
2021-02-07 17:00:00 15.388769 15.388769 15.266841

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 6.149919 6.149919 5.682358
2021-02-12 17:00:00 6.236042 6.236042 5.615938
2021-02-11 17:00:00 6.682088 6.682088 5.620556
2021-02-10 17:00:00 5.732306 5.732306 5.631880
2021-02-09 17:00:00 4.338028 4.338028 5.627461
2021-02-08 17:00:00 11.864664 4.364814 5.569801
2021-02-07 17:00:00 6.305257 6.305257 5.578203

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 12.101654 12.101654 13.614791
2021-02-12 17:00:00 12.590064 12.590064 13.710564
2021-02-11 17:00:00 12.709163 12.709163 13.872065
2021-02-10 17:00:00 14.124951 14.124951 14.046854
2021-02-09 17:00:00 11.115917 11.115917 14.194852
2021-02-08 17:00:00 14.039566 14.039566 14.419601
2021-02-07 17:00:00 26.863469 26.863469 14.648489

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 22.690583 22.690583 21.152844
2021-02-12 17:00:00 21.853101 21.853101 20.673245
2021-02-11 17:00:00 20.496842 20.496842 20.479901
2021-02-10 17:00:00 20.649989 20.649989 20.203765
2021-02-09 17:00:00 23.013737 23.013737 19.605478
2021-02-08 17:00:00 18.484097 18.484097 19.319004
2021-02-07 17:00:00 17.618328 17.618328 19.053631

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 10.427394 10.427394 12.572621
2021-02-12 17:00:00 15.084944 12.126538 12.652156
2021-02-11 17:00:00 11.707533 15.738679 12.783712
2021-02-10 17:00:00 12.108139 12.108139 12.866722
2021-02-09 17:00:00 8.176863 12.447002 12.704636
2021-02-08 17:00:00 25.560538 12.226551 12.711870
2021-02-07 17:00:00 13.690063 13.690063 12.753666

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 8.295455 8.295455 10.308545
2021-02-12 17:00:00 10.764588 10.764588 10.460591
2021-02-11 17:00:00 11.755486 11.755486 10.645249
2021-02-10 17:00:00 14.486922 8.048290 10.710354
2021-02-09 17:00:00 5.343511 10.675676 10.792872
2021-02-08 17:00:00 13.312203 13.312203 10.858360
2021-02-07 17:00:00 13.150289 13.150289 10.902193

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 97.603834 97.603834 94.505871
2021-02-12 17:00:00 86.720867 86.720867 93.206452
2021-02-11 17:00:00 95.371669 95.371669 93.252815
2021-02-10 17:00:00 115.519766 115.519766 92.720509
2021-02-09 17:00:00 228.164557 99.654457 92.445703
2021-02-08 17:00:00 74.127907 88.964578 90.045197
2021-02-07 17:00:00 64.032698 64.032698 88.128549

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 66.935484 66.935484 NaN
2021-02-12 17:00:00 83.269962 83.269962 NaN
2021-02-11 17:00:00 65.544041 65.544041 NaN
2021-02-10 17:00:00 89.970501 89.970501 NaN
2021-02-09 17:00:00 58.781362 58.781362 NaN
2021-02-08 17:00:00 29.729730 98.648649 NaN
2021-02-07 17:00:00 65.543071 65.543071 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 13.358302 13.358302 12.578475
2021-02-12 17:00:00 16.227824 16.227824 12.702176
2021-02-11 17:00:00 18.819247 11.601773 12.946744
2021-02-10 17:00:00 10.764280 10.764280 13.058147
2021-02-09 17:00:00 10.255136 10.255136 13.178188
2021-02-08 17:00:00 18.435115 8.614232 13.437532
2021-02-07 17:00:00 18.869066 18.869066 13.657056

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 26.884780 26.884780 26.879555
2021-02-12 17:00:00 26.106987 26.106987 26.840101
2021-02-11 17:00:00 37.760968 37.760968 26.742424
2021-02-10 17:00:00 23.973839 23.973839 26.518853
2021-02-09 17:00:00 15.752949 22.206801 25.787666
2021-02-08 17:00:00 13.839941 34.691630 25.969454
2021-02-07 17:00:00 45.508626 20.408163 26.694717

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 3.717949 3.717949 4.627620
2021-02-12 17:00:00 4.097975 4.097975 4.823247
2021-02-11 17:00:00 4.392129 4.392129 5.131460
2021-02-10 17:00:00 6.399046 6.399046 5.227310
2021-02-09 17:00:00 5.636743 3.507253 5.231732
2021-02-08 17:00:00 5.137615 2.457218 5.308568
2021-02-07 17:00:00 9.777778 9.777778 5.498132

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 10.659600 10.659600 11.509354
2021-02-12 17:00:00 8.630691 8.630691 11.540586
2021-02-11 17:00:00 12.947189 12.947189 11.689276
2021-02-10 17:00:00 12.714965 12.714965 11.887683
2021-02-09 17:00:00 13.726937 13.726937 12.190207
2021-02-08 17:00:00 11.658537 8.570916 12.510157
2021-02-07 17:00:00 12.954186 12.954186 12.761316

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 7.580117 7.580117 8.140464
2021-02-12 17:00:00 7.606194 7.606194 8.278521
2021-02-11 17:00:00 8.993964 7.097586 8.434098
2021-02-10 17:00:00 7.082542 7.082542 8.428397
2021-02-09 17:00:00 6.291667 9.541667 8.436292
2021-02-08 17:00:00 12.137387 12.137387 8.357148
2021-02-07 17:00:00 10.090634 10.090634 8.299891

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 25.840179 25.840179 25.333344
2021-02-12 17:00:00 33.021390 25.066845 25.640700
2021-02-11 17:00:00 23.018389 23.018389 25.772548
2021-02-10 17:00:00 25.105868 25.105868 26.096457
2021-02-09 17:00:00 21.626298 25.746653 25.979956
2021-02-08 17:00:00 90.047393 26.304654 25.971008
2021-02-07 17:00:00 28.191882 28.191882 25.934737

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 9.473684 9.473684 11.066505
2021-02-12 17:00:00 10.227273 10.227273 11.039960
2021-02-11 17:00:00 10.465116 10.465116 11.219745
2021-02-10 17:00:00 7.526882 7.526882 11.399509
2021-02-09 17:00:00 15.384615 15.384615 10.993493
2021-02-08 17:00:00 26.530612 15.116279 10.651903
2021-02-07 17:00:00 1.562500 10.344828 10.742558

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-13 17:00:00 26.039305 26.039305 25.915893
2021-02-12 17:00:00 27.906977 27.906977 25.877228
2021-02-11 17:00:00 23.266513 23.266513 26.046647
2021-02-10 17:00:00 26.436782 26.436782 25.873955
2021-02-09 17:00:00 25.905395 25.905395 25.884008
2021-02-08 17:00:00 29.885057 25.461936 25.604200
2021-02-07 17:00:00 22.794118 22.794118 25.387757

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.616739 11.616739 8.976285
Basilicata 13.815789 13.815789 16.984349
Calabria 9.697218 9.697218 7.312148
Campania 13.677550 13.677550 14.501587
Emilia-Romagna 29.795755 29.795755 25.043161
Friuli Venezia Giulia 13.901869 13.901869 14.143509
Lazio 6.149919 6.149919 5.682358
Liguria 12.101654 12.101654 13.614791
Lombardia 22.690583 22.690583 21.152844
Marche 10.427394 10.427394 12.572621
Molise 8.295455 8.295455 10.308545
P.A. Bolzano 97.603834 97.603834 94.505871
P.A. Trento 66.935484 66.935484 NaN
Piemonte 13.358302 13.358302 12.578475
Puglia 26.884780 26.884780 26.879555
Sardegna 3.717949 3.717949 4.627620
Sicilia 10.659600 10.659600 11.509354
Toscana 7.580117 7.580117 8.140464
Umbria 25.840179 25.840179 25.333344
Valle d'Aosta 9.473684 9.473684 11.066505
Veneto 26.039305 26.039305 25.915893

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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